Bases de données

Les bases de données cristallographiques accessibles depuis la France (décembre 2016, vérification url's avril 2022):

Structures minérales et inorganiques

• Inorganic Crystal Structure Database par BibCNRS: 177000 structures inorganiques - cif à partir des données sur monocristal (majoritairement). Attention: à la date d'aujourd-hui (décembre 2016) l'accès est uniquement possible pour les instituts INC du CNRS.
• American Mineralogist Database :  base de données contenant toute structure publiée dans l'American Mineralogist, le Canadian Mineralogist, l'European Journal of Mineralogy and Physics and Chemistry of Minerals, et un nombre de structures d'autres revues.
• RRUFF Project:  base integrée de données cristallographiques, spectres Raman et de données chimiques des minéraux.
• Mincryst : base cristallographique et cristallochimique de minéraux et leurs analogues.
• Webmineral : base de données minéralogique.
• Zeolite Database : base de données ciblée zéolithes.
• Material Properties Open Database (MPOD) : une collection de tenseurs de propriétés de monocristaux en tous genres (piezoélectriques, élastiques, supraconductrices, pyro ...), leur représentation 3D et leur export en fichiers pour impression 3D.

Structures organiques et organo-métalliques

• Cambridge Structural Database  (CSD) par BibCNRS : actuellement plus de 1 million de  structures organiques et organo-métalliques;
  
  • pour les instituts de chimie INC-CNRS: http://www.ccdc.cam.ac.uk.inc.bib.cnrs.fr/support-and-resources/csdsdownloads/.
  • pour les instituts de physique INP-CNRS: http://www.ccdc.cam.ac.uk.inp.bib.cnrs.fr/support-and-resources/csdsdownloads/.
  • pour les instituts de biologie INSB-CNRS: http://www.ccdc.cam.ac.uk.insb.bib.cnrs.fr/support-and-resources/csdsdownloads/.
  • les utilisateurs de certains diffractomètres ont accès à la CSD via les logiciels propriétaires: PanAnalytical-Highscore (version >=4.9; https://www.ccdc.cam.ac.uk/support-and-resources/downloads/, partner Software ->  Panalytical HighScore CSD Database), Rigaku Oxford-Diffraction - CrysAlisPro et Bruker-Apex3 (https://www.ccdc.cam.ac.uk/support-and-resources/downloads/, partner Software ->  CellCheckCSD).

Structures macromoléculaires

• Protein Data Bank : structures de protéines et macromolécules.
• Nucleic Acid Database : acides nucléiques et assemblages complexes.
• Biological Macromolecule Crystallization Database : données moléculaires, cristallines et de conditions de cristallisation de macromolécules (protéines, acides nucléiques, complexes variés et virus)
• Electron Microscopy Database : Cartes de densité de microscopie électronique de complexes macromoléculaires et de structures subcellulaires.

Structures de toute sorte

• Crystallography Open Database (COD): collection open-access de structures organiques, inorganiques et de minéraux, sauf bio-polymères, déterminées par méthode de diffraction.
  • Predicted Crystallography Open Database (PCOD): structures simulées par ZEFSA et GRINSP
  • Theoretical Crystallography Open Database (TCOD): structures optimisées par méthodes DFT, MD ...
    À noter que la COD est disponible également via le logiciel propriétaire Diffrac.Eva (Bruker-AXS, version >= 6.0); elle peut être mise à jour sans attendre une nouvelle compilation de Bruker-AXS.
• Powder Diffraction File de l'ICDD : seule base payante pas encore mutualisée au niveau national. Ciblée diffraction sur poudres. La version PDF4 inclut le Linus Pauling File (phases inorganiques).
• Portail de BibCNRS-Chimie (voir également ci-dessus): accès à l'ICSD et la CSD et bien d'autres bases (revues scientifiques entre autres) bien utiles.
• Portail de BibCNRS-Physique (voir également ci-dessus): accès à la CSD et bien d'autres bases (revues scientifiques entre autres) bien utiles.
• Portail de BibCNRS-Biologie (voir également ci-dessus): accès à la CSD et bien d'autres bases (revues scientifiques entre autres) bien utiles.

Facteurs de diffusion et absorption

• NIST X-Ray Form Factor, Attenuation, and Scattering Tables : facteurs de diffusion et absorption pour une très large gamme d'énergies.
• NIST XCOM Photon Cross Sections Database : facteurs de diffusion et absorption pour une très large gamme d'énergies, utilise probablement la même source que ci-dessus, mais l'interface web est plus évoluée.
• NIST scattering length density calculator :  rayons-X et neutrons pour une large gamme d'énergies.
• NIST neutron scattering lengths and cross sections : isotopes inclus.

Symétrie

• Bilbao crystallographic server : groupes d'espace, positions spéciales et générales, relations groupe/sous-groupe, symétrie magnétique ...

Une autre liste de liens vers les bases de données en cristallographie se trouve sur le site de l'IUCr. Elle donne quelques autres liens pas compris dans la liste ci-dessus, mais en revanche la liste ci-dessus donne des liens pas repertoriés dans la liste de l'IUCr.