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Intitulé du poste : Ingénieur.e de recherche biologiste en plateforme scientifique, spécialisé.e enIngénieur.e de recherche biologiste en plateforme scientifique, spécialisé.e encryo-MET et analyse d’images
Ville : Toulouse
Laboratoire/Institut : Centre de Biologie Intégrative
Description du poste : Mission: Au sein de la plateforme de Microscopie Electronique Intégrative (METi) du CBI, la mission de l'ingénieur.e de recherche sera d'assister et de guider les utilisateurs du nouveau cryomicroscope électronique (TFS Talos Arctica) vers la détermination de la structure 3Dde leurs objets d'intérêt. Sa mission principale sera d’implémenter et mettre en oeuvre les méthodes d’analyse d’images de particules isolées (single particle analysis) et de tomographie électronique sur la plateforme, afin que le METi puisse proposer un serviceallant de la préparation des échantillons et l'acquisition d'images de cryo-MET jusqu'à la détermination initiale de la structure 3D des objets d'intérêt. Il/elle interagira également avec les utilisateurs pour la préparation des échantillons et l'acquisition des images decryo-microscopie électronique. L'ingénieur.e participera ainsi au fonctionnement et au développement de l'activité de cryo-microscopie structurale haute résolution / haut débit de la plateforme METi.

Activités :
  • Réaliser le traitement et l'analyse des images de cryo-MET au service des projets de recherche : détermination de la structure 3D de macromolécules (analyse de particules isolées), tomographie électronique
  • Assurer le maintien des logiciels
  • Gérer le stockage, l'archivage et le transfert des images
  • Mettre en place, maintenir et développer un système d'analyse d'images de particules isolées à la volée (on-the-fly processing)
  • Former des utilisateurs aux méthodes d'acquisition et d'analyse d'images
  • Assister les utilisateurs pour la préparation de grilles et la collecte des images de cryo-MET
  • Réaliser une veille scientifique et technologique sur l'imagerie en cryo-microscopie électronique

Compétences
Vous possédez un doctorat en biologie / biophysique, avec de solides connaissances enbiologie structurale
1/ Savoirs fondamentaux :
  • Connaissances approfondies en cryo-MET et analyse d’images
  • Connaissances générales en biochimie des protéines, et en biologie cellulaire
  • Des notions d’informatique seraient un plus
  • Maîtrise de l'anglais scientifique (lu, parlé)
  • Des notions concernant les normes qualité applicables aux plateformes techniques seraient un plus
2/ Compétences techniques :
  • Expertise en analyse d'images de particules isolées, connaissance des suites logicielles couramment employées pour ces analyses (Relion, cryoSPARC, WARP,programmes wrappers: Scipion, cryoFLARE…)
  • Maîtrise de l’analyse d'images de cryo-tomographie électronique, connaissance des programmes employés (IMOD, PEET, Dynamo…)
  • Maitrise de la préparation d'échantillons et de l'acquisition d'images parcryomicroscopie électronique avec les logiciels EPU ou SerialEM
  • Connaissances en informatique (gestion de flux de gros volumes d'images, calculparallélisé sur gpu)
3/ Compétences comportementales :
  • Grande capacité d'autonomie, sens de l’initiative
  • Ouverture d'esprit, sens de l'écoute et de la communication
  • Bon sens du relationnel pour l’accueil d’usagers sur la plateforme
  • Capacité d'intégration et d'adaptation à l'équipe
  • Savoir communiquer et rendre compte de ses travaux
Lien pour candidater : https://bit.ly/3CnJekM
Durée du contrat : 2 ans avec possibilité de pérennisation
Date de prise de fonction : 1er trimestre 2022
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Téléphone :  
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